Certains outils sont intégrés pour générer des alertes, envoyer des mails automatiques, importer ou exporter les données dans différents formats.

ProjeQtOr intègre une fonctionnalité d'import de quasiment tous les éléments de la gestion de projet, à partir de fichiers CSV ou XLSX.

Toutes les listes d’éléments sont imprimables et exportables au format CSV et PDF.
Le détail de chaque élément peut être imprimé ou exporté au format PDF.

Le planning est exportable au format MS-Project (XML).

Des alertes internes peuvent être générée automatiquement en fonction des événements à suivre.

Ces alertes internes peuvent aussi donner lien à des envois de mails.
Il est aussi possible d'envoyer des mails à la demande, en joignant le détail d'un élément.
Il est aussi possible de récupérer les réponses à ce type de mails pour les enregistrer le message dans les notes de l'élément concerné.

ProjeQtOr propose certaines fonctionnalités d'administration permettant de gérer les connexions, envoyer des alertes particulières et gérer les traitements en tâches de fond (traitements de type CRON).
D'ailleurs, l'outil embarque un système de CRON propre, indépendant du système et capable de gérer les reprises en cas d'arrêt de PHP