La paramétrabilité de ProjeQtOr est maximum : tous les éléments sont paramétrables, que ce soient les listes, les droits gérés par profils, ou les accès aux écrans et aux états.
Ceci permet à ProjeQtOr de pouvoir s'adapter à chaque façon de travailler, à chaque méthode de gestion de projets :
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Chaque paramètre, chaque liste de valeurs peut être modifié au travers d'un écran dédié.
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Un paramétrage par défaut est proposé, correspondant aux besoins les plus courants.
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Le comportement par défaut de l'IHM est configurable globalement
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Chaque utilisateur a accès à un certain nombre de paramètres personnels pour gérer la présentation de l'IHM, comme la sélection de la langue ou la couleur du thème d'affichage.